Para aumentar la seguridad de que las cuentas transmitidas a la Comisión son ciertas, completas y exactas y que los procedimientos internos de control han operado satisfactoriamente, el Órgano de Certificación, que es independiente de los Organismos Pagadores y del Organismo de Coordinación, emite una certificado de integridad, exactitud y veracidad de las cuentas.
La Auditoría de Certificación de Cuentas del FEAGA/FEADER se lleva a cabo según Normas Internacionales de Auditoría, durante y después del final de cada ejercicio financiero, con las siguientes orientaciones (escrito de la Comisión, en inglés, donde se relaciona el número y descripción de las guías de certificación editadas):